W ramach trwającego procesu beatyfikacyjnego, za zgodą Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, 5 kwietnia 2018 r. odbyła się ekshumacja doczesnych szczątków Czcigodnej Służebnicy Bożej s. Emanueli Kalb ze Zgromadzenia Sióstr Kanoniczek Ducha Świętego z grobowca zakonnego Sióstr Kanoniczek na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie, ich kanoniczne rozpoznanie oraz złożenie w kościele sióstr pw. św. Tomasza w Krakowie.

Prace ekshumacyjne przeprowadzone zostały przez Komisję powołaną przez metropolitę krakowskiego abpa Marka Jędraszewskiego na czele z ks. dr. Andrzejem Scąbrem, kierownikiem Referatu Spraw Beatyfikacyjnych w Kurii Metropolitalnej w Krakowie. W skład Komisji weszli, m.in. lekarze biegli w dziedzinie anatomii i medycyny, technicy i duchowni. Obecna była również Przełożona generalna Zgromadzenia Sióstr Kanoniczek Ducha Świętego de Saxia – m. Maria Estera Kapitan oraz postulator sprawy beatyfikacyjnej Czcigodnej Służebnicy Bożej – s. Immakulata Kraska.

Po dokonaniu rekognicji, czyli kanonicznego rozpoznania i przeprowadzeniu stosownych badań, z zachowaniem wszelkich wymogów Sanepidu i prawa cywilnego, doczesne szczątki Czcigodnej Służebnicy Bożej s. Emanueli Kalb złożone zostały do metalowej trumienki. Następnie, po zamknięciu i opatrzeniu lakową pieczęcią Kurii Metropolitalnej, trumienkę włożono do licującego z wystrojem kościoła sarkofagu.

Z tym niewielkim krakowskim kościołem, znajdującym się na skrzyżowaniu ulic Szpitalnej i św. Tomasza, Siostra Emanuela była w sposób szczególny związana. Tutaj rozpoczynała życie zakonne; tutaj przez dziesiątki lat modliła się, trwała na adoracji Najświętszego Sakramentu, wypraszając łaski i ofiarując swoje życie za zbawienie dusz; z tego miejsca odeszła do wieczności. Stąd też, zarówno Siostry jak i Wierni, wyrażają radość z faktu, że powróciła ona „do siebie” i że ułatwiony został dostęp do jej doczesnych szczątków wszystkim nawiedzającym kościół i pragnącym modlić się o łaski za jej wstawiennictwem.

Przeniesione do kościoła pw. św. Tomasza Ap. doczesne szczątki Czcigodnej Służebnicy Bożej, jeżeli uprosimy cud za jej przyczyną, z chwilą beatyfikacji staną się relikwiami i będą mogły być przedmiotem kultu publicznego w Kościele.