Zakon Kawalerów Maltańskich odmawia współpracy ze Stolicą Apostolską. Według władz zakonnych papieska interwencja jest niezgodna z regułami prawa i narusza zasadę suwerenności Zakonu.
Z tego powodu Wielki Mistrz wezwał członków zakonu, by – jeśli nawet rozmawiają z członkami Komisji – to nie podważali decyzji Wielkiego Mistrza o usunięciu wielkiego kanclerza Albrechta von Boeselagera. Prawnicy zakonu przypominają także, że Watykan i Stolica Apostolska nie ma prawa interweniować w ten sposób w życie obcego, suwerennego państwa, jakim jest – według prawa międzynarodowego – Suwerenny Zakon Kawalerów Maltańskich.
W istocie oznacza to, że zapowiedzi Watykanu, że zamierza on prowadzić dochodzenie w sprawie konfliktu wokół byłego wielkiego kanclerza, w oparciu o założenie, że zakon Kawalerów Maltańskich jest „świeckim zakonem religijnym”, są wątpliwie prawnie, bowiem w istocie zakon ten ma charakter państwa, a to oznacza, że nie można poddać go takiej, a nie innej procedurze.
W sporze chodzi o to, czy decyzja wielkiego mistrza zakonu Matthew Festing o usunięciu wielkiego kanclerza Albrechta von Boeselagera. Oskarża się go o to, że tolerował on rozdawanie przez wolontariuszy i pracowników zakonu prezerwatyw i środków antykoncepcyjnych. On sam zaprzecza i twierdzi, że gdy tylko się o tym dowiedział zakazał takich działań. Wielki Mistrz zarzuca mu także brak podporządkowania się decyzjom Wielkiego Mistrza, a on sam przekonuje, że zostały one dokonane bezprawnie i z naruszeniem zasad zakonu, a zatem nie obowiązywały go.
Wszystko to nie oznacza, że papież nie może wprowadzić komisji do Zakonu. Aby to zrobić konieczne są jednak inne decyzje prawne. Trzeba jasną decyzją prawną i dokumentem skierowanym do Wielkiego Mistrza zawiesić suwerenność i dopiero później rozpocząć dochodzenie. W przeciwnym wypadku działanie będzie nosić charakter pozaprawny.